El 12 de septiembre de 1998, cinco cubanos —Gerardo Hernández, Antonio Guerrero, Ramón Labañino, Fernando González y René González— fueron arrestados en Miami (Florida), y se les acusó de haber cometido 26 delitos ante los ojos de las leyes federales norteamericanas.

Los Cinco llegaron a los Estados Unidos desde La Habana con la misión de infiltrar las organizaciones mercenarias armadas surgidas de la comunidad cubana en el exilio, toleradas, e inclusive, protegidas en la Florida por los sucesivos gobiernos norteamericanos, y descubrir así, sus potenciales actividades terroristas contra Cuba.

Durante el arresto, Los Cinco no opusieron ninguna resistencia. Su misión no consistía en obtener secretos militares norteamericanos, sino en vigilar a los terroristas e informar a Cuba sobre sus planes de agresión. Fueron enviados inmediatamente a celdas disciplinarias reservadas al castigo de los prisioneros más peligrosos, donde permanecieron por 17 meses, hasta que comenzó el proceso. Al término del mismo, siete meses más tarde, en diciembre del 2001 (tres meses después del traumatismo del 11 de septiembre), fueron condenados a penas máximas de prisión: Gerardo Hernández a doble cadena perpetua, Antonio Guerrero y Ramón Labañino a cadena perpetua. Los otros dos, Fernando González y René González a 19 y 15 años, respectivamente. Veinticuatro de sus cargos de acusación, de carácter técnico y relativamente menores, se refieren al uso de documentación falsa y al incumplimiento de la obligación de declararse agentes extranjeros. Ninguno de estos cargos comprende el uso de armas, actos de violencia o la destrucción de bienes.

El proceso se extendió por más de siete meses. Más de 70 testigos comparecieron, incluso tres generales y un almirante retirado, un consejero de la presidencia, todos presentados por la defensa.

Las minutas representan 119 volúmenes de transcripciones, los testimonios recogidos antes del proceso y el expediente de instrucción otros 15 volúmenes. Más de 800 documentos probatorios se produjeron, algunos excedían las 40 cuartillas. Los 12 miembros del jurado, conducidos por su presidente, quien manifestó abiertamente su hostilidad contra Fidel Castro, declararon a Los Cinco culpables de los 26 cargos de acusación, sin hacer una sola pregunta o pedir una nueva lectura de los testimonios, hecho inusitado en el caso de un juicio tan largo y complejo como éste.

Los dos cargos principales se basan en un método de acusación que se emplea con frecuencia en casos de naturaleza política: la "conspiración" (acuerdo ilegal establecido entre dos o más personas para cometer un delito). No hace falta que se consuma el delito. Lo único que debe hacer la acusación es demostrar, sobre la base de una prueba circunstancial, que un acuerdo "debe haber existido". Rara vez aparecen pruebas reales y directas de un acuerdo ilegal, excepto cuando uno de los participantes las presenta por sí mismo o decide confesar. En un caso de este tipo, el jurado parte del principio que hubo un acuerdo, sin evidencias del delito, teniendo en cuenta consideraciones políticas, la pertenencia a una minoría o la nacionalidad del acusado.

En su exposición inicial, la Fiscal admitió que Los Cinco no poseían la más mínima página de informaciones, clasificadas top secret por el gobierno, mientras que, en cambio, este había logrado obtener más de 20 mil páginas de correspondencia entre ellos y Cuba —la revisión de dicha correspondencia se le confió a uno de los más altos oficiales a cargo de los asuntos de la inteligencia en el Pentágono. Cuando se le interrogó al respecto, reconoció que no recordaba haber hallado la más mínima información que hiciera alusión a la defensa nacional de Estados Unidos. Según la ley, debe probarse esta presencia para que pueda existir el delito de espionaje.

Aún más, el único elemento sobre el cual se basa la acusación, fue el hecho de que uno de Los Cinco, Antonio Guerrero, trabajaba en un taller de fundición de la base naval de entrenamiento de Boca Chica, al sur de la Florida. Abierta por completo al público, esta base contaba, incluso, con un área donde los visitantes podían fotografiar los aviones en la pista. Mientras trabajó allí, Guerrero no solicitó en ningún momento un pase de seguridad. No estaba autorizado a entrar en las zonas de acceso limitado y no intentó hacerlo jamás. En los dos años que antecedieron a su arresto, y durante los cuales el FBI lo vigilaba, ningún agente detectó el menor signo de comportamiento incorrecto por su parte.

Exaltos oficiales del ejército y de los servicios de seguridad norteamericanos declararon que Cuba no constituía una amenaza militar para Estados Unidos, que no había ninguna información militar que obtener en Boca Chica y que, " el interés de Cuba por el tipo de informaciones expuestas en el juicio era conocer si, en realidad, nosotros intentábamos preparar una acción armada contra ellos".

La segunda acusación de conspiración vino a añadirse siete meses después de la primera. Esta vez contra uno de Los Cinco, Gerardo Hernández, por haber conspirado con otros funcionarios cubanos, que no estaban acusados, a fin de derribar dos avionetas pilotadas por exiliados cubanos de la organización Hermanos al Rescate, en el momento en que penetraban en el espacio aéreo cubano provenientes de Miami, a pesar de las advertencias de las autoridades. Los Migs cubanos las interceptaron y provocaron la muerte de las cuatro personas a bordo.

La acusación reconoció que no existía ni sombra de una prueba referente a un supuesto acuerdo entre Hernández y los oficiales cubanos sobre si derribarían o no las avionetas, y la manera en que lo harían. En consecuencia, la obligación legal de probar "más allá de cualquier duda razonable" que un tal acuerdo haya tenido lugar, no se cumplió. El gobierno admitió ante la Corte que se encontraba frente a un "obstáculo infranqueable". Propuso, inclusive, modificar su propia acusación, lo cual no aceptó el tribunal de apelación. A pesar de todo, el jurado declaró culpable a Hernández de ese delito inventado.