Indiscutiblemente las siglas provienen de las letras iniciales del sintagma nominal "Alianza Bolivariana para los Pueblos de Nuestra América", cuyo núcleo es el sustantivo femenino alianza, y como es usual en estos casos, el artículo que debe acompañar a la palabra que surge es el femenino, como en la ONU, el INDER, etc. Estas siglas llegan a constituir palabras de la lengua y se ajustan a las normas generales de la construcción en español.

Pero ocurre que existe una regla para los sustantivos femeninos que comienzan con "a" acentuada, como es el caso de agua, águila, ánima, alma, etc. Estos sustantivos son femeninos y prueba de ello es que aceptan los adjetivos que los modifican en femenino (agua clara, limpia, turbia, contaminada, etc.), pero por cuestiones de eufonía y para evitar la cacofonía que surge de la concurrencia de las dos "aes", se les antepone el artículo "el", que en este caso proviene del latín "ille" y se considera un artículo femenino. Por tanto, según mi criterio, debe decirse el ALBA y no la ALBA.