El magistrado, Jorge Barreto, dijo que el proceso se debe a que considera al ex gobernante co autor de las ejecuciones ilegales de Eduardo Cruz, Luis Meléndez y Víctor Peceros, del Movimiento Revolucionario Túpac Amaru (MRTA).

Según un policía y un ex diplomático japonés que eran rehenes del comando del MRTA que tenía tomada la sede desde diciembre de 1996, los tres alzados se rindieron tras la irrupción de más de un centenar de militares en la casa del embajador japonés en Lima.

Sin embargo, la información oficial aseguró que los 13 insurgentes murieron en combate y las tres ejecuciones fueron verificadas además en exámenes forenses de los restos de Cruz, Meléndez y Peceros.

Barreto acogió la denuncia del fiscal Alex Díaz contra Fujimori, quien, tras la toma militar, reivindicó reiteradamente la responsabilidad total de la operación.

Para el juez, el ex gobernante no controló debidamente la ejecución de la llamada operación Chavín de Huantar, para evitar violaciones de los derechos humanos.

Fujimori es acusado además de interferir en las diligencias de la justicia militar en torno al caso, pues no permitió que jueces y fiscales realicen una inspección ocular e impidió la entrega de las armas utilizadas por militares y los alzados para las pruebas de balística.

Otro cargo está referido a la orden del ex presidente de sepultar irregularmente los restos de los insurgentes, sin las autopsias legalmente exigidas.

Paralelamente, se desarrolla un juicio por los mismos asesinatos, contra el ex jefe de las Fuerzas Armadas, general Nicolás Hermoza; el ex asesor de Inteligencia, Vladimiro Montesinos, y otros militares responsables.

Según pesquisas judiciales, un equipo exterminador al servicio de Montesinos entró a la residencia diplomática tras el asalto militar, y dio muerte a rendidos y heridos.