Fernando Armindo Lugo Méndez nació en San Solano, departamento de Itapúa, Paraguay, el 30 de mayo de 1951. Desde muy joven mostró motivaciones católicas.

En 1970 ingresó en el Noviciado de los Misioneros del Verbo Divino. Paralelamente, realizó estudios superiores en la Universidad Católica Nuestra Señora de la Asunción de la capital del país, donde obtuvo el título de licenciado en Ciencias Religiosas.

Fue ordenado presbítero católico en 1977 y posteriormente viajó al Ecuador para trabajar como misionero en la diócesis de la provincia de Bolívar. Fue profesor y párroco en las localidades de Guaranda y Echeandía. En 1983 viajó a Roma para realizar estudios de espiritualidad y sociología en la Pontificia Universidad Gregoriana.

El 17 de abril de 1994, después de haber regresado a Paraguay, fue ordenado obispo de la diócesis de San Pedro, la región más pobre del país.

En el 2004, el Papa Juan Pablo II dispuso su retiro como obispo, a partir de un pedido realizado por el propio Lugo, tras lo cual siguió ejerciendo el sacerdocio como párroco.

En diciembre del 2006, presentó su renuncia al ministerio sacerdotal con el fin de presentar su candidatura a presidente del Paraguay y solicitó al Vaticano mantener su pertenencia a la Iglesia Católica.

En enero del 2007, luego de presentada su candidatura a presidente, la Congregación para los Obispos rechazó la solicitud de Lugo de ser considerado laico y dispuso también su suspensión "ad divinis", por lo cual no podía ejercer el sacerdocio.

La decisión del Vaticano fue, finalmente, revisada. El 30 de julio del 2008, el Nuncio Apostólico del Vaticano en su país, Orlando Antonini, le entregó la dispensa que lo retornaba al estado laical.

El 29 de marzo del 2006 marcó un hito en la joven vida política de Fernando Lugo. En esta fecha encabezó una multitudinaria marcha en Asunción, en protesta por una violación constitucional en la que habían incurrido cinco miembros de la Corte Suprema de Justicia. A partir de ese momento, su figura ganó arraigo popular y se convirtió en un referente para quienes deseaban propiciar un cambio más profundo en su país.

Lugo se presentó a los comicios del 20 de abril del 2008, postulándose por la Alianza Patriótica para el Cambio, que es conformada por diversos partidos de centro e izquierda, con el respaldo también del que era principal partido de oposición, el Partido Liberal Radical Auténtico (PLRA), así como de diversos movimientos políticos, sociales, obreros, sindicales, deportivos y culturales. Una coalición nunca antes vista, por su amplitud, en el Paraguay.